Google Wave

Tja, die ersten Invites sind wohl raus, aber die Welle ist nicht bis zu mir geschwappt. Ich denke, man könnte Google Wave (wave.google.com) ganz gut im Laboralltag einsetzen. Natürlich nur für unkritische Zeug, da es ja alles über die google-Server läuft und damit prächtig mitgeschnitten und ausgewertet werden kann. Was denkt Ihr über Google Wave im Labor? Postet mal fleißig in die Comments! Natürlich würde ich mich auch über Invites freuen!

Man kann das auge wohl auch direkter treffen

Ich bin ja lernfähig. Die komplizierte Aktion mit dem Ex- und Import von Papers zu Endnote geht doch über das Endnote xml Format. Dabei ist es auch egal, ob die voll ausgeschriebenen Journalnamen in Papers nun korrekt geschrieben sind oder nicht. Wenn man als xml exportiert, werden die über PubMed bezogenen und damit abgekürzten Journalnamen mit exportiert. Hat man dann einen saubere TermList in Endnote, so kann man sich die Abkürzungsweise der Journalnamen aussuchen oder man kann den Journalnamen auch voll ausgeschrieben anzeigen lassen. Die TermList erreicht man in Endnote X2 wie schon geschildert über Tools > Open Term List > Journal Term List. Ich halte meine Term List hier zum Download bereit, alles was zu tun ist, um sie zu importieren, ist das suffix .docx zu entfernen und dae Datei quasi als Textdatei in Endnote zu importieren. Viel Spass damit!
Sie wurde von mir ein wenig korrigiert und erweitert, aber im Grunde entspricht Sie den zusammengefassten Versionen der chemischen, biologischen und medizinischen Vorlagen der Uni Queensland.
journal list april 09.txt.docx

Wenn man dann noch in den Einstellungen von Endnote (command + ‘,’) unter „Temporary Citations“ den Haken vor „Use field instead of record number“ setzt und Label auswählt, so kann man die Zitate als ‘temporary citation’ direkt aus Papers in Word ziehen, die Papers-Bibliothek später exportieren und das Word-Dokument dann entsprechend formatieren lassen. Hört sich kompliziert an, beschleunigt aber den workflow ungemein, wenn man nicht von Anfang an alle paper zusammen hat, die man im Dokument braucht (und wer hat das schon !?).
Any comments so far !?

Noch mal mein setup, damit man bei dieser schwierigen Kombi durchblickt:
1) Papers als Artikel-fetcher (90% der Suche über PubMed) und pdf storage
2) Endnote als CWYW Zitierhelfer (leider Goldstandard)
3) Word als Textverarbeitung (pages ist noch keine Alternative)

Update: Ein Tutorial von Mekentosj bzgl. Papers und Word/Endnote

Von hinten durch die Brust ins Auge…

Uiuiui, gar nicht so einfach wie ich dachte. Ich habe heute mal versucht, meine Bibliothek an wissenschaftlichen Artikeln auf einen zitierfähigen Stand zu bringen. Dabei habe ich folgende Situation: Meine Artikel ziehe ich mir mit Papers, das ich ja schon an anderer Stelle erwähnt habe. Da Papers aber noch keine CWYW-Funktionalität bietet, bin ich für ambitioniertere Projekte (wie einer Veröffentlichung in einem Fachjournal) weiterhin auf Endnote angewiesen, das immer noch den Gold-Standard in Sachen Zitierungen darstellt. OK. Papers bietet die Möglichkeit die Bibliothek im ENdnote xml format zu exportieren. Also dachte ich das ganze wäre kein Problem. Falsch gedacht. Es taten sich mehrere Baustellen auf: zum einen waren die Journalnamen in Papers falsch formatiert; z.B. schrieb Papers statt Analytical Biochemistry Analytical biochemistry. Dies wird im folgenden workflow entscheidend, wenn man nämlich auf die „Journal Term List“ von Endnote zugreifen will, um den korrekt abgekürzten Journalnamen in der Bibliographie stehen zu haben. Die entsprechende Zuordnungsfunktion von Endnote toleriert keine Groß-/Kleinschreibungsunterschiede.
Nachdem ich also von Hand (!) alle Journalnamen in Papers korrigiert hatte, wollte ich die Bibliothek im Endnote xml Format speichern und in Endnote entsprechend importieren. Dumm nur, dass Endnote in diesem Fall nicht den voll ausgeschriebenen Journalnamen importierte, sondern den abgekürzten, der sich wohl unter dem falschen TAG in der xml Datei einnistet. In beiden Fällen müssen die Jungs von Mekentosj wohl nacharbeiten…
Da manche Journale in der Bibliothek den vollen Namen, andere den mit Punkten abgekürzten und wieder andere den ohne Punkte abgekürzten Namen stehen haben wollen, möchte man eigentlich als Eintrag in der Endnote Bibliothek den vollen Namen stehen haben, der dann ggf. mit Hilfe der Term List auf eine der beiden Abkürzungsvarianten heruntergebrochen werden kann.
Eine Möglichkeit wäre gewesen über Import Filter an das Problem heranzugehen oder im der xml Datei herumzuhacken, was aber keine generelle Lösung des Problems darstellt. Als Umweg dient mir im Moment folgende Lösung, die nach oberflächlicher Analyse das macht, was ich erwarte: Die Papers Bibliothek als „Reference Manager“ (RIS) Datei exportieren und in Endnote mit dem Parametern „Import Options“= „Reference Manager“ (RIS)“ mit der „Text Translation“=“Unicode (UTF-8)“ importieren.
Will man eine externe Term List (z.B. von der University of Queensland oder man benutzt die mitgelieferten Lists (man muss sie aber von Hand einbinden!!)) in Endnote benutzen, läd man die entsprechende Liste herunter und löscht unter Tools > Open Term Lists > Journal Term List erst einmal alle Einträge, bevor man unter dem Reiter „Lists“ die neue Liste über „Import“ einfügt.
Nun kann man im Output Style das jeweils gewünschte Format des Journalnamens einstellen und Endnote erledigt den Rest.

Btw: Diese Anleitung bezieht sich auf Papers 1.9.1 – Artikel wurden ausschließlich per Pubmed importiert – und auf Endnote X2. Beides natürlich auf dem Mac unter Leopard.

Endnote mit Word auf dem Mac

Endnote ist z.Zt. immer noch der Gold-Standart der Zitationsprogramme. Schade und ärgerlich, dass das Zusammenspiel von Endnote und Word 2004 beinahe schon traditionell katastrophal ist. Bei der Vorbereitung eines aktuellen Manuskripts habe ich mich entschlossen, mal die Kombination aus Word 2008 und Endonote X2 zu testen. Und ich muss sagen, bis jetzt sind keine Probleme aufgetreten. Alles flutscht und von den häufigen Lüfterattacken oder Abstürzen (wie von der Kombination Word 2003 – Endnote X2) bin ich bislang verschont geblieben. Mal sehen, was passiert, wenn das Dokument größer wird…

Update:
Die Alternative-nämlich Papers direkt mit Word 2008 über dessen neue Bibliography Funktion zu nutzen ist eigentliche keine. Siehe auch http://vnoel.wordpress.com/2008/03/05/word-2008-bibliography-mess/

Werbung mit der Vector NTI Pleite

Na sowas! Da springen geschickte Werbestrategen wohl auf den Zug der Empörung über die neue Licence Policy von Invitrogen auf und versenden wahllos (?) Emails an potentielle Nutzer von Sequenzanalyseprogrammen à la Vector NTI. Irgendwie hat das aber einen faden Beigeschmack finde ich. Die Email von CLC kann ich leider nicht wörtlich zitieren, da darunter so ein doofer Disclaimer klebt. Ich bin mir aber sicher, dass ich nicht der einzige bin, der diese agressive Werbung erhalten hat, wie mir Arbeitskollegen schon bestätigt haben. Bin mal gespannt, ob Invitrogen sich das so gefallen lässt oder irgendwie kontert… let’s get ready to rumble

Vector NTI Daten exportieren

Vector NTI scheint für viele von Euch noch ein Thema zu sein. Hier per copy & paste eine Anleitung, wie Ihr eure Daten exportieren könnt:
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VNTI Is Dead

The golden age of Vector NTI has ended, and free software licenses are no longer available to academics. This move has been disturbing to many, and support for deactivated licenses haven’t been the best so far. But after sending a plea to the tech support services associated with VNTI, they’ve come through with some help.

To answer an oft answered question, DNA/RNA/Protein sequences CANNOT be exported after a license is expired. I know, I know, bad programming practice and bad PR practice. BUT if your data is locked in you can get a temporary license to export everything. For DNA / RNA molecules you can export into GenBank, EMBL, and FASTA file formats. For protein sequences you can export into GenPept, SWISS-PROT, or Protein FASTA format. File export DOES NOT work for Enzymes, Oligos, Gel Markers, Citations, BLAST Results, or Analysis Results. Those of you with extensive Oligo libraries will want to contact Tech Support directly for assistance in exporting or moving these files. Sorry guys. It may or may not be supported.

Exporting DNA/RNA Molecules

1. Open your VNTI Database.
2. Go to ‘DNA/RNA Molecules’ from the drop down box.
3. Select all the molecules you want to export. For everything, select one molecule and either press CTRL+A or use ‘Edit’ -> ‘Select All’.
4. Go to ‘Edit’ -> ‘Copy To’ -> ‘File…’. Make sure to choose the format you want. If you want all three, just repeat the process for each one.

Exporting Protein Sequences

The process is identical to exporting DNA / RNA molecules, except the Protein Molecules library must be used.

Getting a Temporary License

To get your temporary license e-mail Technical Support at bioinfosupport[AT]invitrogen.com. In your message just explain that you’ve been a user of the VNTI free license, but the license expired and you need a temporary one to export all your data.

Now, I’m glad that Life Sciences / Invitrogen has come through with some help for the community. Do I agree with the change in marketing? No. Do I think the transition was handled gracefully? No. But they could have elected to lock everyone’s data in permanently, and have instead elected to extend the olive branch. Hope this helps some of your out there with trapped data.

„

(Via The Bioinformatics Blog.)

Papers for the iPhone

Glückwunsch an das mekentosj-Team, vor allem an Alex. Er hat es geschafft Papers für iPhone und iPod touch in den AppStore zu bekommen. Nach anfänglichen copyright-Problemen wegen eines 2 Pixel großen iMac, der auf dem papers-Icon zu sehen war, ist die App jetzt endlich erhältlich.
Ich durfte als beta-Tester schon mal einen Blick auf die App werfen und bin begeistert. Das Programm sorgt jetzt dafür, dass ich meine gesamte (!) Sammlung von wissenschaftlichen Artikeln im iPod touch habe. Wahnsinn. Zum durcharbeiten der Artikel ist das ganze natürlich nichts, aber zu nachschauen während eines Kongresses, oder der Suche in PubMed, WoS, Google Scholar, oder einer anderen Datenbank ist der kleine Bruder von Papers (für den Mac) hervorragend geeignet.

Zwei tiefere Einblicke in die App liefert MedMacs (hier 1 und hier 2)

EMBOSS auf einem Cluster

Da ich ja im Bezug auf Sequenzbearbeitungstools immer noch „heimatlos“ bin, habe ich in der Arbeitsgruppe mal angeregt EMBOSS auszutesten. Das hat zwei aktuelle Gründe. Bisher sind wir zweigleisig gefahren: wir hatten für einfache viruelle Klonierungen / Sequenzbearbeitungen / Plasmiddarstellungen Vector NTI und für weitergehende Bearbeitungen GCG (auf einem lokalen Cluster) benutzt. Beides um zu vermeiden unsere Sequenzen ins Web laden zu müssen (aus verschiedenen Gründen). Diese beiden Optionen sind nahezu gleichzeitig weggefallen; Vector NTI aus bekannten Gründen und im Bezug auf GCG hat der Hauptrechner die Grätsche gemacht. Als Alternative zu GCG hat sich die wie GCG umfangreiche und ebenfalls auf die Kommandozeile ausgerichtete EMOSS-Suite angeboten. Der Sysadmin unseres Rechenzentrums war fix und kooperationsbereit und hat EMBOSS auf seinem Cluster installiert. Das bleibt jetzt auch auszutesten. Als GUI neben der Kommandozeile läuft testweise auch JEMBOSS (hinter dem Link als Java Web Start zu testen), eine Java-Oberfläche, über die auf die einzelnen Anwendungen zugegriffen werden kann. Wer einen Mac oder Linux hat, kann EMBOSS auch lokal installieren. Linux-User wissen, was sie tun müssen und für Mac gibt’s ein Programmpaket mit Benutzeroberfläche namens eBioX.

VectorNTI Alternative Teil 2

Tja, so einfach wie ich dachte ist das gar nicht mit ner Alternative zu VectorNTI. Die vom mir im letzten Post beschriebenen Programme sind in der kostenlosen Version doch arg im Funktionsumfang beschnitten. Ich hab jetzt aber einen anderen Kandidaten gefunden, der einfache virtuelle Klonierungen und Vektorkarten bewerkstelligen können soll. PlasmaDNA heiß die App. Ich werde berichten…
Außerdem werde ich mir mal Serial Cloner und APE näher anschauen.
Wenn Ihr weitere Alternativen sucht, oder schon gefunden habt, hinterlasst doch in den Kommentaren eine kurze Info für alle. Meine Blogstatistik sagt mir, dass das Thema nicht wenige Leute interessiert.

Vector NTI nicht mehr kostenlos für akademische Forschung

Schade. Obwohl; jetzt entfällt auch der letzte Grund, warum ich noch Windows brauche. Invitrogen (oder jetzt ja LIFE Technologies) hat mit der Einführung der Version 11 des sehr umfangreichen virtuellen Klonierungstools die freien Lizenzen für akademische User eingestellt.
Was sich mit der Vernachlässigung der Intel-Mac-Unterstützung bei VectorNTI 11 schon angedeutet hatte, setzt sich mit diesem Schritt weiter fort. Die feine englische Art ist es sowieso nicht, Kunden erst mit einer kostenlosen Vollversion zu ködern und anschließend ihre wertvollen Daten quasi zu kidnappen (selbst die Lizenz von Version 10 läuft ja nach spätestens einem Jahr aus) und sie so versucht zu zwingen, einen vierstelligen Eurobetrag für die neue Version zu berappen. Gute Werbung ist das nicht.
Ob es Life Technologies damit gelingen wird die Führungsposition dieses Programmpaketes weiter aufrecht zu erhalten, bleibt abzuwarten.
Es gilt nun, möglichst äquivalente Alternativen (am besten mit Importoption für VectorNTI files) zu finden. In unserem Lab wird z.Zt. auch über die Nutzung von EMBOSS auf einem Cluster nachgedacht. Mögliche andere Alternativen sind CLC Sequence viewer oder Geneious, das mir beim flüchtigen drübersehen am besten gefallen hat. Positiver Nebeneffekt bei allen genannten Alternativen ist die plattformübergreifende Kompatibilität, so dass KollegInnen mit Linux, Windows und MacOS ohne Virtualisierung auskommen!